2018年9月4日经国务院正式批复（国函[2018]113号），呼和浩特综合保税区正式成立，规划面积0.88平方公里，四至范围为东至金九道、南至京包铁路、西至巡逻道、北至金海路。园区前身是呼和浩特出口加工区，是内蒙古自治区唯一的国家级出口加工区。园区建有14栋单体钢结构标准厂房，配备跨境电商库、海关监管作业场所等企业开展业务必备的场地，园区外配套设有国际贸易中心综合服务大楼。该保税区是完善呼和浩特城市功能、提升服务水平的战略性功能区，也是呼和浩特市融入全球经济一体化的窗口，在全区对外开放中具有重要地位。
2024年4月25日正式开通跨境公路物流通道，同步运行中欧班列、TIR国际卡班，形成涵盖铁路、公路、航空的多式联运体系。保税区重点发展二手车出口、贵金属精炼加工、进口牛羊肉加工及跨境电商业务，建有跨境电商公共服务平台及二手车出口信息化平台。2025年12月1日，成功发运首列中国·呼和浩特—俄罗斯·埃列克特罗乌格利加长中欧班列。2026年1月3日，全国首家贵金属文创形象店“JINGLE宝物局”在成都开业。
2024年4月25日，呼和浩特综合保税区跨境公路物流通道正式开通，同步运行中欧班列、TIR国际卡班，形成涵盖铁路、公路、航空的多式联运体系。
2025年一季度，呼和浩特综合保税区实现进出口额25.98亿元，同比增长61.1%。保税加工和保税物流等保税业务进出口值达25.25亿元，占总进出口额97.19% 。
2025年12月1日，呼和浩特综合保税区成功发运首列中国·呼和浩特—俄罗斯·埃列克特罗乌格利加长中欧班列，经二连浩特口岸直达俄罗斯，标志着对俄物流通道进入新阶段。
2025年12月18日，呼和浩特综合保税区全年进出口额突破100亿元，进入“百亿园区”行列。
2025年，呼和浩特综合保税区全年进出口总额达107.88亿元，同比增长25.85%，创历史新高。其中，加工贸易额87.18亿元，占进出口总额的80.8%；累计实现工业总产值47.84亿元，同比增长306%。全年发运中欧、中亚班列55列，“区港联动”模式运输标准集装箱393箱，开行TIR跨境公路运输车辆30车次，保税物流进出口值达8.62亿元 。