满洲里综合保税区于2015年3月被国务院批复设立，2016年12月正式封关运营，是国务院设立在内蒙古自治区的首家综合保税区。其规划面积1.44平方公里，位于满洲里市公路、铁路、航空三大口岸的中心交汇处，集保税区、出口加工区、保税物流园区、保税港区多种功能于一身，是依托口岸优势建立的自治区与俄蒙欧经贸合作的重要开放平台 。
2023年12月，满洲里综合保税区增值税一般纳税人资格试点成功落地。2024年，满洲里综合保税区进出口贸易值140.41亿元，同比增长1.9%，创封关运行以来新高，贸易值稳居内蒙古自治区3家综合保税区首位；海关通过构建“金关二期+智能卡口”智慧监管体系，实现进出区货物放行“秒通关” 。区内构建了“1+3”开放型产业体系，已形成以保税物流为主，保税加工制造、跨境电商、保税检测维修、二手车出口等为辅的多元业务体系；2024年累计出口二手车1313台，贸易额超1.75亿元。2025年上半年，区内新增注册企业69家，二手车跨境交易服务线上平台投入使用。国务院批复设立中国（内蒙古）自由贸易试验区，满洲里综合保税区作为核心区域被纳入满洲里片区。