南通综合保税区是2013年1月3日经国务院批准设立的海关特殊监管区域，实行“一区两片”发展格局。该区域前身为2002年设立的南通出口加工区，2013年升级后分三期建设，至2023年6月三期2.46平方公里通过验收，总封关面积达4.61平方公里。
A区位于南通开发区中心区域，封关面积1.5平方公里，重点发展医药健康、新一代信息技术、智能制造等产业，打造研发设计中心和检测维修中心；B区位于苏通长江大桥东侧2公里处，紧邻通海港区集装箱码头，封关面积3.11平方公里，布局新能源高端装备及现代商贸物流产业，形成加工制造中心、物流分拨中心和销售服务中心。区内享有出口退税、进口保税及增值税一般纳税人资格试点等政策，集聚中远海运等企业。